1991 йил 25 октябрдаги Ўзбекистон Республикаси Президентининг ПФ-284-сонли Фармонига асосан Ўзбекистон Республикаси Божхона қўмитаси ташкил этилди.

1992 йил 10 августдаги Ўзбекистон Республикаси Президентининг ПФ-451-сонли Фармони билан Ўзбекистон Республикаси Божхона қўмитасига Давлат божхона қўмитаси мақоми берилиб, республика ички ишлар органлари ходимларига берилган ҳуқуқ ва имтиёзлар, лавозим маошлари, махсус унвонлар учун устамалар ва бошқа тўловлар божхона тизими ходимларига жорий этилди.

1994 йил 18 январдаги Ўзбекистон Республикаси Президентининг ПФ-744-сонли Фармонига асосан Давлат божхона қўмитаси Давлат солиқ қўмитасининг Бош божхона бошқармасига ҳамда Қорақалпоғистон Республикаси, Тошкент шаҳар ва вилоятлардаги божхона бошқармалари эса ҳудудий божхона хизматларига айлантирилди.

1997 йил 8 июлдаги Ўзбекистон Республикаси Президентининг “Ўзбекистон Республикаси Давлат божхона қўмитасини ташкил қилиш тўғрисида”ги ПФ-1815-сонли Фармони билан Бош божхона бошқармаси солиқ тизимидан ажратилиб, Давлат божхона қўмитасига айлантирилди ва ҳуқуқни муҳофаза қилувчи орган мақоми берилди.

1997 йилда божхона соҳасидаги энг муҳим ҳужжатлар қабул қилинди. Жумландан:

-  “Давлат божхона хизмати тўғрисида”ги Қонун (1997 йил 29 август);

- “Бож тарифи тўғрисида”ги Қонун (1997 йил 29 август);

- шунингдек, 1997 йилнинг 26 декабрида Божхона кодекси қабул қилиниб, 1998 йил 1 мартдан амалга киритилди.

2003 йил 22 майда Вазирлар Маҳкамасининг 229-сонли Қарори асосида Олий ҳарбий божхона институти ташкил этилди.

1998 йил 27 мартдаги Вазирлар Маҳкамасининг 135-сонли Қарори билан “Ўзбекистон Республикаси божхона органларининг интизомий устави” тасдиқланди.

2006 йил 9 мартда Ўзбекистон Республикаси Президентининг “Ўзбекистон Республикаси Давлат божхона қўмитаси фаолиятини ташкил этиш борасидаги қўшимча чора-тадбирлар тўғрисида”ги ПҚ-302-сонли Қарори билан ДБҚ таркибий тузилмасига ўзгартиришлар киритилди, хусусан 4 та бош бошқарма шакллантирилди ҳамда Кадрлар бош бошқармаси таркибида Божхона комплекслари ва постларини инспекциядан ўтказиш бошқармаси ташкил этилди.

Шунингдек, ушбу қарор билан божхона ходимларини аттестациядан ўтказиш тартиби белгиланди ҳамда Давлат божхона қўмитасида 2006 йил 1 июндан ягона автоматлаштирилган ахборот тизими ишга туширилди.

2008 йилда Миллий кинология марказига Жаҳон божхона ташкилотининг Минтақавий кинология маркази мақоми берилди.

2011 йил  10 августда Ўзбекистон Республикаси Президентининг “Ўзбекистон Республикаси Давлат божхона хизмати органлари фаолиятини янада такомиллаштириш ва самарадорлигини ошириш чора-тадбирлари тўғрисида”ги ПҚ-1595-сонли Қарори билан ҳаракатдаги кўчма божхона постлари тугатилди. Божхона постлари стратегик аҳамияти ва иш ҳажмидан келиб чиққан ҳолда табақалаштирилиб, тоифаларга ажратилди.

2014 йил 14 июль куни Ўзбекистон Республикаси Президентининг ПҚ-2208 - сонли Қарори билан тоифаларга ажратилган чегара ва ташқи иқтисодий божхона постлари (комплекслари) рўйхати тасдиқланди.

2016 йил 20 январ куни янги таҳрирдаги Божхона кодекси қабул қилиниб, жорий йил 21 апрелдан кучга киритилди.

2018 йил 12 апрелдаги Ўзбекистон Республикаси Президентининг “Ўзбекистон Республикаси Давлат божхона хизмати органларининг фаолиятини тубдан такомиллаштириш тўғрисида” ПФ-5414-сонли Фармони талаблари асосида штат бирликларининг умумий сони доирасида Божхона маъмурчилигида илғор ва инновацион усулларни татбиқ этиш, Хавфларни мониторинг қилиш ва баҳолаш, Ташқи савдо операциялари
ва божхона статистикаси мониторинги бошқармалари ташкил этилди ва уларнинг фаолияти йўлга қўйилди.

2018 йил 12 апрелдаги Ўзбекистон Республикаси Президентининг “Давлат божхона хизмати органларининг фаолиятини ташкил этиш тўғрисида” ПҚ-3665-сонли қарори билан Ўзбекистон Республикаси давлат божхона хизмати органларида хизматни ўташ тўғрисида Низом ва Ўзбекистон Республикасидавлат божхона хизмати органларининг Интизомий Устави, шунингдек 2018–2021 йилларда Ўзбекистон Республикаси божхона органлари фаолиятига ахборот-коммуникация технологияларини кенг жорий этиш ва ривожлантириш бўйича «Йўл харитаси» тасдиқланиб, божхона органлари фаолиятида замонавий ахборот-коммуникация технологиялари
босқичма-босқич жорий этилиб келинмоқда.

- 2018 йил 18 октябрдаги “Давлат божхона хизмати тўғрисида”ги Ўзбекистон Республикасининг Қонунига ўзгартириш ва қўшимчалар киритиш ҳақида” Ўзбекистон Республикасининг 502-сон Қонуни қабул қилинди.

- 2018 йил 2 ноябрдаги “Ўзбекистон Республикаси божхона органлари кадрларини тайёрлаш тизимини тубдан такомиллаштириш чора-тадбирлари тўғрисида”ги ПҚ-3995-сонли Қарори билан Ўзбекистон Республикаси Давлат божхона қўмитасининг Олий ҳарбий божхона институти Ўзбекистон Республикаси Давлат божхона қўмитасининг Божхона институти этиб, ходимларни тайёрлаш, қайта тайёрлаш ва малакасини ошириш бўйича ихтисослаштирилган олий ҳамда илмий-методик муассаса сифатида қайта ташкил этилди;

- 2018 йил 24 ноябрдаги “Божхона маъмурчилигини такомиллаштириш ва Ўзбекистон Республикаси давлат божхона хизмати органлари фаолияти самарадорлигини ошириш бўйича қўшимча чора-тадбирлар тўғрисида” ПФ-5582-сонли Фармони ижроси доирасида “Хавфни бошқариш” автоматлаштирилган ахборот тизими жорий этилиб, 2018 йил 1 декабрдан бошлаб “сариқ” ва “қизил” йўлаклар, 2019 йил 1 мартдан бошлаб эса, “яшил” ва “кўк” йўлаклар тўлиқ фойдаланишга топширилди;

- 2018 йил 22 декабрь куни “Ўзбекистон Республикаси давлат божхона органлари ходимлари кунини белгилаш тўғрисида” Ўзбекистон Республикаси Қонунига биноан 26 январь – Ўзбекистон Республикаси Давлат божхона хизмати ходимларининг куни этиб белгиланди.

2019 йил 23 апрелдаги “Ташқи иқтисодий фаолиятни амалга оширишда маъмурий тартиб-таомилларни янада такомиллаштириш чора-тадбирлари тўғрисида” ПҚ-4297-қарори ижроси доирасида ишлаб чиқилган “Ягона дарча” божхона ахборот тизими (БАТ) ёрдамида, тадбиркорлик субъектларининг мурожаатларига асосан мутасадди вазирлик ва идоралар томонидан тегишли руҳсат бериш тусидаги ҳужжатларни онлайн тарзда тақдим этилиши ташкил этилди.