После независимости нашей страны сохранение материального и духовного богатства нашего народа поднялось до уровня государственной политики. В связи с этим на  таможенные органы также возложены задачи. 9 февраля 1996 года Министерство юстиции Республики Узбекистан издало указ № 227 « О вывозе и ввозе культурных ценностей » на основании этого таможенными органами были приняты меры против незаконных перевозок культурных ценностей.

Следует отметить,   все культурные ценности, которые были конфискованы на благо государства в результате быстрого реагирования сотрудников таможни, будут продемонстрированы в музее « Музей история таможни», который был специально создан, по приказу №181 в 1996 году 20 августа.

Однако этот музей не был предназначен для демонстрации только раритетов или других видов оружия. Он поставил перед собой цель сохранить экономическую безопасность государства, сыграть роль в защите внутреннего рынка и прав человека, здоровья и морального духа, а также обучать таможенников в духе патриотизмаВ то время в музее было более 1200 экспонатов, литературы и материалов.

Экспозиция музея включала в себя больше сувениров, альбомов и книг зарубежных партнеров, инвентаризацию конфискованного материала во время контрабанды и таможенных нарушений, копии редких культурных ценностей и оружия.В соответствии с указом был создан Музейный совет для улучшения музейной деятельности на основе новой информации и экспонатов, в состав совета  вошли руководители  отделов центрального аппарата ГТК.

Одним из наиболее важных аспектов является тот факт, что через 13 лет после создания музея впервые был утвержден Устав «Музея истории таможни». Устав определяет основные цели и задачи музея, состав музея и его процедуры, права и обязанности персонала музея.