Коллегия Государственного таможенного комитета Республики Узбекистан является постоянным органом совета. 
Основные задачи Коллегии Государственного таможенного комитета: 

- защита экономических интересов и обеспечение в пределах установленных полномочий экономической безопасности республики;

- участие в разработке и реализации таможенной политики республики;

-осуществление контроля за соблюдением таможенного законодательства;

-защита прав и интересов граждан, а также юридических лиц при осуществлении таможенного дела;

-содействие развитию внешнеэкономических связей республики;

-осуществление сотрудничества с таможенными органами иностранных государств, международными организациями, занимающимися вопросами таможенного дела, участие в международных таможенных и торговых организациях;

-обеспечение выполнения обязательств, вытекающих из международных договоров Республики Узбекистан, в части, касающейся таможенного дела;

-взимание таможенных пошлин, налогов и иных таможенных платежей;

-разработка и эффективное применение средств таможенно-тарифного регулирования торгово-экономических, валютно-финансовых отношений республики с другими государствами;

-обеспечение таможенного контроля за товарами и транспортными средствами, перемещенные  через таможенную границу Республики Узбекистан;

-создание условий, способствующих ускорению товарооборота через таможенную границу республики;

-борьба с контрабандой, с нарушениями таможенного законодательства, пресечение незаконного перемещения через таможенную границу республики наркотических средств, психотропных и взрывчатых веществ, оружия, валютных ценностей, предметов художественного, культурно-исторического и археологического наследия, являющегося национальным достоянием, объектов интеллектуальной собственности;

-ведение таможенной статистики и системы специальной таможенной отчетности, обеспечение информацией правительства Республики Узбекистан, заинтересованных министерств и ведомств по вопросам, касающимся таможенного дела;

-разработка и внедрение автоматизированной системы сбора и обработки информации о деятельности в области таможенного дела;

-ведение товарной номенклатуры внешнеэкономической деятельности;

-обеспечение правильного подбора и расстановки кадров, высокого уровня служебной подготовки и дисциплины личного состава органов ГТК, организация подготовки и повышения квалификации специалистов по таможенному оформлению для государственных органов, предприятий, учреждений и организаций;

-обеспечение контроля за деятельностью таможенных брокеров, таможенных перевозчиков, работой таможенных и свободных складов, магазинов беспошлинной торговли, переработкой товаров вне таможенной территории, на таможенной территории и под таможенным контролем;

-организация научно-исследовательских работ и консультирование в области таможенного дела;

-укрепление и развитие материально-технической базы таможенных органов, содействие развитию таможенной инфраструктуры;

-иные задачи, определяемые законодательством Республики Узбекистан и заключенными международными договорами и соглашениями.

В ГТК образуется коллегия в составе Председателя (председатель коллегии), его заместителей, а также руководителей структурных подразделений ГТК, координирующих основные направления его деятельности.

Численность и персональный состав коллегии утверждаются Кабинетом Министров Республики Узбекистан.

Коллегия полномочна, если на ее заседании присутствует более половины ее состава.